尖锐湿疣的鉴别诊断十分重要，一旦有误诊对患者造成很大的精神伤害。尖锐湿疣常需与生殖器癌、扁平湿疣、假性湿疣、生殖器鲍温样丘疹病及珍珠样丘疹病鉴别。
    1、生殖器部位癌边界不清，癌有明显的浸润，常形成溃疡，有时应进行病理组织学检查。
    2、扁平湿疣为梅毒二期皮疹。扁平湿疣基底宽，无蒂，外观扁平，疣面潮湿、光滑。暗视野显微镜检查可找到梅毒螺旋体，梅毒血清反应为阳性。
    3、假性湿疣又称女性绒毛状小阴唇，在女性的小阴唇上出现鱼卵状、排列规则的增生物。女性假性湿疣是在小阴唇内侧呈对称性的、条索形指状丘疹，分布稠密，也可呈鱼子状。据调查，在处女中，本病的患病率也很高。本病一般不是由性接触而感染的，不属于性病范围。本病可无任何不适感，无传染性,一般不需治疗.
    4、生殖器鲍温样丘疹病本病较少见，主要与人类乳头瘤病毒16型感染有关。表现为生殖器部位多发性棕红色小丘疹，直径2～10mm。临床上很像尖锐湿疣，但组织学上类似鲍温病的改变。作出这一诊断必须是专科医师。
    5、珍珠样丘疹病发生于男性的龟头，沿龟头冠状沟有排列整齐的大小一致的珍珠样丘疹。本病病因不明，常见于青年男性。男性珍珠状阴茎丘疹病的特点，是在沿冠状沟处分布的小米粒大小的丘疹。在没有过性接触的男性中，本病也有一定的患病率，男性珍珠状阴茎丘疹病可无任何不适感，不需治疗；一般情况下不是由性接触而感染的，不应属于性病范围。