尖锐湿疣的治疗大致可分为三类方法，局部用药、物理治疗和内用药物。没有哪种疗法是最好的，也没有哪一种方法是适合所有患者的，应该根据综合因素的考虑来选择。
局部用药主要有１０２５％足叶草脂、０．５％足叶草毒素、５％氟尿嘧啶霜或液、３％肽丁胺霜、８０９０％的三氯醋酸等。一般适用于较小的疣体，潮湿表面疗效优于干燥表面，是患者可以自己使用的一种治疗，但各种药物的使用有一些注意事项：足叶草脂不要涂在正常皮肤上（或用凡士林保护），待药水自然干燥，６小时后用水冲洗，隔日一次，每次用量不超过１毫升。足叶草毒素局部刺激性较前者小，每天用两次，３天为１疗程，需重复治疗时要隔４天以上。这两种药物不宜用于孕妇、婴儿、糖尿病人及疣周有炎症者。氟尿嘧啶虽然没有刺激性，但它是抗细胞ＤＮＡ合成药，当局部出现皮肤粘膜糜烂时要立即停用，继续使用会使创面长时间不愈合。三氯醋酸是一种腐蚀剂，多由医生来使用。
物理治疗是由医生采用医疗设备来去除疣的方法，常用的有电烙器、电离子仪、高频电刀、激光、微波治疗仪、冷冻液和手术切除等。都需要在局部麻醉的条件下进行，术后数天要注意预防细菌的感染，适用于中等至较大的疣体，各种仪器的治疗效果没有根本差别，但有其各自的特点。
内用药物包括肌注干扰素和内服阿昔洛韦等抗病毒药，从理论上讲可以减少复发机会。但美国疾病控制和预防中心（ＣＤＣ）认为干扰素的肌注无效且副作用发生率高，不推荐常规使用，倒是不少个体医生为取得经济效益较多使用此方法，正规医院较少使用。
由于尖锐湿疣是由病毒所引起的，治疗的目标是去除肉眼所能见的疣体，现有的方法都不能肯定一次就能治愈。应该告诉患者注意复发，复发最常发生于头３个月，一有新的疣体出现应立即复治，直至不再发生。对于采用病毒核酸检测方法查出的亚临床感染（无外生性疣）认为不宜作为治疗依据，因为此方法有不少假阳性，并不可靠，除非出现皮肤细胞的发育不良（异常分化）。长时间不治的尖锐湿疣部位发生的鳞癌几率比正常人高是事实，但绝大多数是不会癌变的，不必过于担心，发现异常时找正规医院的专科医生判断就行了。
